La elección del software servidor depende de la infraestructura existente:
Sistemas Libres (Linux):
vsftpd (Very Secure FTP Daemon): El estándar en seguridad y rendimiento. Es el que utilizan la mayoría de las distribuciones por su arquitectura basada en procesos ligeros.
ProFTPD: Extremadamente configurable, muy utilizado en entornos de hosting compartido donde se necesita crear miles de usuarios virtuales fácilmente.
Pure-FTPd: Enfocado en la simplicidad y la integración con bases de datos SQL para la gestión de usuarios.
Sistemas Propietarios (Windows):
IIS FTP (Internet Information Services): Es el rol nativo de Windows Server. Su gran ventaja es la integración absoluta con Active Directory, lo que permite gestionar los permisos de los usuarios FTP usando los mismos grupos y políticas de seguridad del dominio.
FileZilla Server: La opción multiplataforma (aunque muy popular en Windows) que destaca por su interfaz gráfica intuitiva, ideal para administradores que no se sienten cómodos con la línea de comandos de Linux.